เกาะหินปูนแห่งนี้ตั้งอยู่ห่างชายฝั่งหลายสิบกิโลเมตร ด้วยความที่น้ำทะเลใสช่วยให้แสงส่องถึงใต้ผิวน้ำในระดับที่เหมาะสม ตัวอ่อนของปะการังเกาะตัวกันบนหินที่ทับถมอยู่กลางอ่าว เมื่อเวลาผ่านพ้นไป แนวปะการังขยายขนาดปกคลุมทั่วอ่าวมาหยา แต่ปัจจุบันแนวปะการังบริเวณด้านหน้าชายหาดอ่าวมาหยาได้กลายเป็นแนวปะการังเสื่อมโทรมไปหมดแล้วซึ่งเป็นผลพวงบางส่วนจากการทิ้งสมอเรือและคลื่นยักษ์สึนามิ แต่สภาพภูมิทัศน์ต่างๆ บริเวณชายหาดก็ได้รับการฟื้นฟูพัฒนา และปรับปรุงจนสวยงามมากขึ้น
อ่าวมาหยา นับว่าเป็นสถานที่ท่องเที่ยวที่เป็นไฮไลท์อีกจุดหนึ่งของทะเลกระบี่ ที่นักท่องเที่ยวให้ความสนใจมาพักผ่อนทิ้งตัวทิ้งใจลงบนหาดทรายขาวละเอียดที่เค้าว่ากันว่าละมุนเหมือนผงแป้ง นอนแช่น้ำทะเลใสสีเขียวมรกต สัมผัสบรรยากาศและธรรมชาติแวดล้อมซึ่งปกคลุมไปด้วยพันธุ์ไม้ชายทะเล จึงไม่แปลกใจเลยที่ต่างชาติจะยกให้ “อ่าวมาหยา” เป็นทะเลไทยที่สวยติดอันดับโลก
